祷告事工部是2009年开始设立的专门负责推动祷告的事工部门。目前，常设的祷告项目包括晨祷（5：30-6：30）、礼拜三晚祷（19：00-21：00）、教会月祷告会（每月第一个礼拜三）等。祷告事工部计划在进驻新堂、国庆节、新年等期间举行专题连续祷告会。入住新堂后，也将开辟专门的祷告室。祷告事工部由新雨执事任负责人。

        守望教会的祷告事工部主要是推动教会各个层面的祷告，藉着祷告来托住教会各项重大事工，藉着祷告拓展教会的疆界，并托住软弱的弟兄姊妹。
        祷告事工部的主要事工包括：每天（除周日）的晨祷事工；每周三晚上的晚祷事工；全年的禁食祷告；以及重要节期、重大事件的特别祷告；
        晨祷事工的祷告目标：是为教会的牧者、长老、执事、同工祷告；为教会重大事件祷告；为教会中软弱的弟兄姊妹代祷；
        周三祷告会的祷告目标：是为教会的重要事件和教会的重要事工祷告；
        全年禁食祷告：为国家、教会和弟兄姊妹生命代祷
        特别祷告会：为着特殊节期和特殊事件的代祷。

            每一次的祷告，摇动神的手；祷告做的事，我们的手不能做。每一次的祷告，大山被挪移，道路被铺平，使列国归向神。